泰迪和提姆是一对很好的兄弟，曾经一起拯救了宝贝公司，如今两人都已长大成人，提姆有了一个幸福的家庭，两个可爱的女儿，但由于泰迪当上大老板，工作十分繁忙。两人的联系渐渐就减少了，但提姆会经常讲些他和泰迪的故事给大女儿大凯听，可是大凯却把父亲的故事当成了自己瞎编的，就连晚安吻都变成了握手，与父亲的关系渐行渐远，也让提姆觉得女儿长大了已经不再需要自己了，他深感沮丧，于是他找到小女儿小凯，只见年仅一岁的小凯直接说出了她人生中的第一句话，直接将父亲吓晕了过去，原来她是宝贝公司派来的，因为宝贝公司又出现了新的危机，她想请父亲和泰迪叔叔帮忙，可提姆表示如今泰迪已经是世界首富，两人已经很少联系，并表示无论如何他都不会给泰迪打电话，无奈小凯只能截取父亲部分说话内容，将泰迪骗回了家，一进屋他就将一大叠美金给大凯，接着小凯将父亲和叔叔叫到一个房间，提姆希望泰迪去拯救宝贝公司

可如今的泰迪已经忘记了宝宝时的记忆，一旁的小凯看不下去，拿着婴儿奶嘴，给他们每人一个奶嘴，然后带着二人来到宝宝公司。这是一家专门维护宝宝权益的公司，泰迪看到自己的雕像，儿时的记忆瞬间涌向心头，小凯表示现在有个博士脱离父母，创办了一所连锁的学校。目的不是让孩子们快乐，而是让他们脱离父母的掌控，自己统治世界，如果世界真的变成宝宝的，那人类随时都会完蛋，因此小凯希望父亲和泰迪潜入博士办公室安装摄相头，并与他一起阻止博士的阴谋，回家后小凯拿出一瓶神奇的药水，表示只要喝下它就可以变为小孩，但药效只有48个小时，泰迪看了看说明书吓得泡漫网不轻，但他还是倒了点放手上试了试，大手瞬间变成小手，提姆见状一把抢了过去，咕噜咕噜喝了起来，而泰迪也不示弱，两人喝完药水后直接变成了宝宝的模样，小凯告诉他们明天早上会有辆公交车送他们去上学，可惜两人睡过了头，好在泰迪还有一宠物小肥马，两人坐上它一路导航，终于成功到达学校。提姆进了尖子班，而泰迪进了普通班，但他还是那么霸道，很快就混成了老大，不仅教宝宝们放彩虹弹，还与宝宝们一起做出了一辆战车成功逃了出去

而提姆在尖子班也见到了大女儿，见大女儿是个学霸，他深感欣慰，而逃出去的泰迪通过手机导航准备去博士办公室，途中却遇到忍者宝宝，一刀下去就把他的手机劈成两半，而且还能无限复制，吓得泰迪撒腿就跑，好在被博士救下，原来博士早已注意到了泰迪，接着他带着泰迪参加了他秘密基地，并表示自己也是一个宝宝，自从他发现自己比父母聪明后，他第一件事就是离家出走，创办了宝宝学校，让这里的宝贝们不用写作业，只有吃不完的冰淇淋和棒棒糖，不仅如此他还教宝贝们学习编程，教宝贝们开发一款又一款软件，然后再将这些软件推广到每一个父母的手机上，父母就会被洗脑，永远被宝宝们控制，从而统治世界，晚上提姆以大女儿同学的身份来家里做客。正好赶上大凯的外公外婆的到来，正是自己的父母。幸好有眼镜掩护才没被父母认出来

晚饭过后，大凯拉着提姆来到房间，说了很多心理话，而提姆作为父亲，他必须帮女儿找回自信，因为今天在学校女儿因为彩排时不敢放声歌唱，被同学嘲笑，最终在提姆的不断鼓励下，大凯终于大胆的唱了出来，这让提姆很是欣慰，这时得知博士计划的泰迪也回到了家，他赶紧与小凯和提姆商量对策，通过宣传海报得知明天学校会有一场晚会，于是他们决定让小凯在观众席上操控，而泰迪利用与博士的关系，找准时间安装控制器，方便小凯远程控制，让博士在众人面前露出原形，晚会上，家长们纷纷拿出手机拍照，瞬间家长们变成行尸走肉，小凯见状连忙找到后台电源总开关，让泰迪去关闭电源，可这时宝宝忍者突然出现，把泰迪和提姆绑了起来扔进水池，只要水池里的水被罐满，两人只能去见上帝了，临死前两人相互道歉，冰释前嫌，这时泰迪用口哨呼唤出那匹小肥马，成功救出两人，故事最后，几人同心协力打败了博士，拯救了宝宝和大人们，而离家出走的博士也回到了父母身边